> можно в калипир воду лить чтобы промыть
Да, конечно. Если оттуда не выливается тормозная жидкость, значит, и вода не зальётся ;-)

> рычаги сдвинулись , а назад не очень вернулись , я их потом отверткой обратно вдавливал
Да, так можно, даже нужно: новые колодки будут толще (т.к. не изношены), и поршни придётся утопить. Чтобы не отвёрткой поцарапать поршни, я раздвигаю их, не вытаскивая старые колодки.

> настройка переключателей во всех случаях стандартная
Ну более-менее стандартная, да. Описана как в официальных инструкциях от шимано (см. http://techdocs.shimano.com), так и в мильёнах неофициальных инструкций (гугл в помощь).
Разве что в них по большей части подразумевается, что железки не погнуты/сломаны, тросики и рубашки - чистые и не ржавые. В противном случае - тот самый "индивидуальный подход" - чтобы хоть что-то хоть как-то работало ;-)