Все эти утилиты предназначены для сравнения текстовых и бинарных файлов. И для сравнения списка файлов в разных директориях, по их датам, размеру и содержимому.
Тут же задача иная: (формулирую ее в упрощенном виде, приведя к терминам туризма)

На входе имеется несколько (десятков) файлов GPX. (собранные в походах по какому-то району). На данном этапе интересуют маршрутные точки, (треки пока отложим на потом).
В каждом файле несколько (десятков, а то и сотен) точек. Точки эти создавались в разное время, разными людьми, какой либо системы в названиях, вообще говоря, может и не быть. Соответственно, в разных файлах могут быть точки с одинаковыми именами, которые на самом деле будут означать совершенно разные объекты на местности. (В одном файле точка с названием 125 означает порог на реке, а в другом - точка с таким же названием 125 будет относиться к удобному месту для стоянки, в 20 км от этого порога.)
С другой стороны, в разных файлах могут содержаться точки, которые относятся к одному и тому же объекту. Например, один и тот же водопад может в одном файле обзываться как VDP022, а в другом - 243. Естественно, координаты этих точек не обязаны в точности совпадать (между ними может быть некоторое расстояние, например, 10 м).
Какие-то точки могут иметь не совсем правильные координаты (потому что точка создавалась дома, при планировании маршрута), но снабжены комментариями, (введенные с компьютера), а точка с более точными координатами (полученная в походе) комментария не имеет (влом вводить было), и отстоит от домашней заготовки на пару сотен метров.

И надо это множество файлов объединить.

Как ни странно, нормальной человеческой утилиты для решения этой задачи я не нашел. (только куча аналогичных вопросов на форумах). GPSBabel - хорошая штука, но она все таки для других целей заточена. Если не нащупается ничего толкового за сегодня-завтра, то придется писать что-то свое. Не бог весть какая сложная задача. (в общем-то, все для этого в наличии имеется, надо просто сесть и заняться).