1) Основной файл берется из /etc/httpd/conf/httpd.conf
2) В него включаются все конфиги из /etc/httpd/conf.d
В том числе php.conf и php_cgi.conf Насколько я понимаю, частные настройки php рекомендуется вносить туда
3) Последним инклудится файл zz010_psa_httpd.conf , в нем подгружаются файлы из админки плеска ('/usr/local/psa/admin/conf/generated/13603243550.38689700_server.include', '/usr/local/psa/admin/conf/generated/13603243550.38689700_horde.include' и '/usr/local/psa/admin/conf/generated/13603243550.38689700_atmail.include'); где-то в них цепляются конфиги виртуальных хостов
.
Важно что инклудится все в алфавитном порядке - так что если в каталоге /etc/httpd/conf.d создать файл начинающийся на zzz - то он будет подключаться после всех остальных конфигов и его настройки будут перебивать все остальные настройки
.
Надеюсь, это поможет, правда у нас плеск на CentOS