Не знаю, правильно ли писать здесь о недоказанных слухах... Но во флудилке, наверно, можно?
Так вот, у нас поговаривают, что вся эта реформа возникла из-за того, что одного хорошего друга ВВП прокатили на выборах в РАН, поскольку ученый из него никакой. Этот товарисч сильно обиделся, за неделю написал проект закона "разогнать всех этих к чертовой матери" и с помощью своих связей добился, чтобы правительство попросило Думу рассмотреть этот закон в ускоренном порядке. (Ясно, что сам Ливанов этого сделать не мог: такие просьбы - это сильно не его уровень). Благо, что Дума у нас чисто декоративная, (самодержавие все-таки).

Читая проект текста закона, я очень сильно склонен этой версии верить. Так что на 99%, судьбой науки и государственными интересами во всей этой истории и близко не пахнет. Никакого "секретного приложения", где написано, что и как надо делать с наукой после принятия этого закона, просто не существует.