Главный плюс в том, что они приятнее эстетически. Хотя, если остальной интерьер и так весь пластиковый, то может и пофиг.
По цене, если заказывать в адекватном месте, выходит не сильно дороже.
Мы в своё время заказывали в dveriokna.ru, получилось хорошо.
Покраску есть смысл заказывать заводскую, в условиях квартиры самостоятельно хорошо покрасить/покрыть лаком деревянные окна нереально.

Хинт: если заказывать окна, то нужно поторопиться. В сентябре-октябре у оконщиков самый сезон, возможно придется ждать своей очереди несколько недель.