я года 2 назад собирался в самарканд, немного нарыл тогда. Поездов либо вообще нет, либо буквально 1 в неделю. Зато есть прямые авиарейсы, то ли аэрофлотом, то ли трансаэро. И судя по ценам на билеты - может самолетом окажется тупо выгоднее лететь, чем ехать 4 дня в поезде (имею в виду упущенную выгоду/зп).
Есть ж/д экспресс до Ташкента, откуда уже много поездов в москву ходит. Идет кажется, 2,5 часа. Автобус - примерно столько же. Самолетом местным 30 минут, и стоит примерно 100-150 уе.