- Текущую древовидную структуру оставить. Не буду говорить, что она лучше или хуже обычного списка. Есть плюсы, есть минусы. Будем считать фишкой нашего форума.

- Добавить возможность сворачивать и разворачивать сообщения, желательно не перезагружая страничку.
примеры - caxara.ru, veloway, платные ЖЖ
Имхо, нужно уметь сворачивать треды (неинтересный флуд, например), так и разворачивать, чтобы был виден не только заголовок, но и основной текст сообщения.
Сворачивание убирает часть треда, оставляя только самый верхний заголовок (настройку, наверное, стоит запоминать в куках).
Разворачивание отображает текущее сообщение и все ответы на него.
На сахаре не нравятся аватары и весьма своеобразный подход к разделению заголовок / текст (по кол-ву символов, режет в 90% случаев не там), на веловее зачем-то раскрываются "пустые" сообщения.

- смайлики, аватарки, подписи - фтопку. Я консерватор :) Возможность грузить картинки, конечно, полезна, но тоже необязательна.

- сделать создание новой темы из режима "показывать все форумы"

- возможно, сделать более гибкий выбор форумов для чтения. Чекбоксами, скажем. Тут уже неоднократно просили "всё кроме флудилки".

- сделать человеческий поиск. Очень не хватает настройки "выводить тред целиком или одно сообщение"

- что-нибудь придумать, чтобы при лёгком переименовании форумов не происходил какой-то пипец с перепутыванием всех сообщений (например, форум "Алтай" оказался форумом "ПВД"). Впрочем, это решается оргмерами.

- подумать над мобильной версией. Сейчас с телефона форум отлично читается, но что будет после реализации всех пожеланий, я не знаю...