что там было со вторым прибором, что у него наблюдаются многочисленные "выбросы" по высоте, неясно. Может, товарищ hippy_old ему чистое небо не показывал, а хранил на дне рюкзака ;-)
У меня (60Cx) подобная фигня наблюдается при плохом приёме - слегка врёт по горизонтали и очень сильно по вертикали.
Я думаю, если удалить эти выбросы, набор сразу значительно уменьшится.
Из-за небольшого количества точек это произойти не должно - интуиция подсказывает, что набор высоты при удалении точек может только уменьшаться.

Теперь переходим к GPSies. Данные он берёт либо из трека, либо из SRTM по нажатию кнопки "пересчитать высоту" (или что-то похожее, не помню). Набор высоты по треку будет заметно больше, т.к. из космоса мелкие неровности банально не видно (хотя, есть мнение, что видно, но они засекречены) и они при расчёте не учитываются.

Вот-с, это всё голая теория. Проверять на практике на двух конкретно взятых треках лень, извиняй...