Я склоняюсь строго к варианту размещения багажника на полностью подрессоренной части велосипеда. Иначе практически теряется смысл задней подвески: во-первых, заднее колесо динамически нагружено практически так же, как и на хардтейле (велосипедист же на хардтейле на трясучке встает на педали и практически не дает вклада в динамическую нагрузку заднего колеса) - а при покатушках в Москве мне хватало около 3 кг - только дождевика на багажнике - чтобы сразу же поиметь на заднем колесе восьмерку, не позволющую ехать на ободных тормозах, при том, что без оного груза никаких восьмерок практически не возникает. Во-вторых, на любой неровности, представляющей опасность для управляемости на хардтейле, неподрессоренный зад велосипеда с грузом подпрыгнет не хуже хардтейла, и т.д.
Только багажник на подрессоренной части рамы позволит делать такую вещь, как заезд на бордюр с рюкзаком на багажнике.
Только я бы вообще предложил вариант с багажником, являющимся частью самой рамы - как на мотоцикле, как совершенно верно было замечено. Ибо ставить багажник на обычные двухподвесы, конечно, можно - но это надо все равно делать собственную конструкцию, но она будет намного тяжелее, если делать ее приемлемой прочности. Кстати, на этот багажник в составе рамы можно крепить, скажем, пружины и (или) амортизаторы подвески.
Гораздо интереснее вопрос, как же все-таки бороться с раскачиванием? У меня возникла некая идея - ввести некий ролик, похожий на успокоитель, и расположенный на задней половине ведущей ветви цепи, с рычагом на раме, позволяющей вручную настраивать его положение для устранения раскачки в каждой конкретной ситуации (передаче, положении центра масс и т.д.)
Хотя это и будет создавать удары по ногам при прохождении неровностей, и более идеологически правильно было иметь, скажем, шарнир (шарниры), перемещаемые вверх-вниз на переднем треугольнике, но это уж слишком нагруженный узел, чтобы его делать подвижным, наверное.