Во-первых, слишком многим выгодно, чтобы вероятность была поменьше. Поэтому совершенно не исключено, что статистика изначально давала вилку 1/100 - 1/1000, из которой в отчет и потом в печать по понятным причинам попала вторая цифра. Я видел в сводках, что предыдущий рекорд был 6 с половиной метров, и что сейчас он превышен всего лишь на 10%. Для подобных рядов это - ничтожное превышение! По-моему, при правильной организации дела все службы просто обязаны быть готовы к такому. Насколько я могу судить по своим геофизическим данным, для подобных рядов вероятность превышения предыдущего 100-летнего максимума в течение следующей 100-летней эпохи гораздо ближе к 1, чем к 0.1. (Понятно, что в первом случае это означает наводнение 1/100, а во втором 1/1000). Думаю, что в гидрологии эффект должен быть еще более ярким, но отсюда следует оценка 1/100, а вовсе не 1/1000. Именно поэтому вторая цифра кажется мне ну очень натянутой.
Я понимаю, если бы вместо 6.5м вода подналась до 10м, т.е. в полтора раза выше прошлого 100-летнего максимума. Это уже действительно можно считать аномалией. Но мы-то имеем превышение 6-метрового максимума на полметра-метр, при выборке из 100 точек! Для распределения с "тяжелым хвостом" это может и не неизбежное, но вполне рядовое событие.
Во-вторых, прогноз обычно дается при условии постоянства внешних условий. Любое искусственное вмешательство вроде строительства набережной, намывки дамбы, разработки месторождения где-то выше по течению (изменение свойств переносимых рекой наносов) меняет гидрологический режим в непредсказуемом направлении. В осторожном прогнозе должна быть поправка на это. Например, у нас на водомерном посту в Гарме был четкий положительный тренд уровня. Но вовсе не потому, что река становилась все полноводнее год от года. Просто пост располагался в зоне аккумуляции, и, попросту говоря, понемногу нарастало дно речки. Поэтому "небывалые за всю историю наблюдений" наводнения там происходили чуть ли не в каждый паводок.

Ну и теперь самое главное. Даже если названная цифра верна, и вероятность затопления действительно 1/1000, в России порядка 50-100 городов стоят на низком берегу рек. Это значит, что один город будет затапливаться каждые 10-20 лет. Исходя из этой оценки, я бы сказал, что мы имеем совершенно штатную ситуацию, из которой город (тем более государство в целом) должно выходить без серьезных потерь, с минимальными издержками, которые заведомо перекрываются выгодами от использования потенциально опасной территории. Так что не надо об этом трубить на всех перекрестках, как о чем-то из ряда вон выходящем.
Конечно, теоретически можно предположить, что чиновники просто не умеют умножить 50 на 1/1000. Но скорее дело в другом - ситуация просто используется в каких-то непонятных нам целях. Решение принято, акценты расставлены, указания спущены... по ТВ одна за одной пошли новости о потопе. А мы все со своими эмоциями в форумах - это просто винтики очередной пропагандистской компании.